Beurteilung molekularbiologischer Verfahren

Hallo,
habe mal eine Frage zur Bewertung der molekularbiologischer Verfahren zur Bestimmung von Verwandtschaftsverhältnissen (DNA-Sequenzierung, Aminosäuresequenzanalyse, DNA-Hybridisierung)
Das Prinzip habe ich jeweils verstanden.
Allerdings verstehe ich nicht, warum man dem einen oder dem anderen den Vorzug geben soll.
Wie genau sind die jeweiligen Verfahren?

Meine Überlegung ist, dass die AS-Seq- Analyse ungenauer ist,als die DNA-Seq. da stumme Mutationen sich nicht manifestieren. Andererseits gilt dies doch auch für negative Mutationen, da diese ja der Selektion unterliegen. Dies gilt ja dann für beide Verfahren...
Bliebe da noch die Analyse der hochvariablen, d.h nicht codierenden Abschnitte, was aber auch unmöglich erscheint, da doch erhebliche Unterschiede vorhanden sind, die wohl kaum vergleichbar wären (v.a bei der Untersuchung von stammesgescichtlich weit entfernten Arten.

Demnach erscheint mir die DNA- Hybridisierung irgendwie genauer, obwohl diese als veraltet gilt?
Hat jemand eine Idee,wie man das argumentativ lösen kann?

Danke schon mal!